最初から計画するのであれば、3階を原材料保管庫、2階が製造、1階が製品倉庫と出荷、といった形にします。
フライトケータリング工場は、1階で、飛行機から下げてきたトレイやコンテナーを洗浄し、きれいになったのを2階に上げ、原材料も2階に最初から入れ、2階で製造をして、2階から出荷します。
階層でゾーニングが出来るので、各階で少しぐらい変更があっても、問題は出ないのです。