井戸水の場合は、定期的な検査が必要になる。井戸というのは周りの環境によって変化をすることがある、大規模な建設や土地開発などで地下水が汚染されることもあるし、工場廃液で突然汚染が出てしまった事例はいくらでもある。どのような頻度で行なうかは、年に一度といった頻度に加えて、大きな工事が行われているなどでの環境の変化の可能性のあるときなどのスポット的な検査を加えたほうが良い。
食品に直接井戸水を使う場合で、井戸水を殺菌や浄水している場合、その機械、装置の点検が必要である。塩素濃度の定期的測定では、規定通りになっているかを調べなければならない。氷や清涼飲料水、ミネラルウオーターなどの水そのものが製品になっている場合は毎日の検査をしなければならない。氷の原料に地下水を使っている場合、水の検査を毎朝行い、その結果が24時間で出れば、大きな角氷が出来るのに48時間かかるので、万一水に問題があっても製品を出荷する前に発見できる。このようなシステムに出来るならば安心だ。